يتكون هيكل المجلس الاعلى الاسلامي العراقي من المفردات التالية:

اولاً: الهيئة العامة
تتألف الهيئة العامة من 200-300 عضو يمثلون الشرائح العراقية الاسلامية، حسب الشروط الموضوعة لهم، ومن مسؤولياتها إقرار سياسات وخطوط عمل المجلس، وانتخاب اعضاء الشورى المركزية ومراقبة نشاطاتها مع مكاتبها، وتعقد اجتماعاتها كل ستة اشهر، وللهيئة العامة رئاسة تتكون من رئيس ونائبين ومقررين.

 ثانياً : رئاسة المجلس الاعلى
الرئيس هو اعلى سلطة تنفيذية، وينتخب من قبل الشورى المركزية لدورة كاملة، ومن صلاحياته تمثيل المجلس الاعلى في الامور السياسية المهمة داخل وخارج العراق، ورئاسة الشورى المركزية، واصدار احكام تعيين مسؤولي المكاتب بعد عرضهم على الشورى المركزية وموافقتها عليهم، واصدار احكام تعيين مسؤولي الاقسام في الوحدات التنفيذية، كما ان من مسؤولياته الاشراف على الجهاز التنفيذي ومتابعة حسن تطبيق قرارات الشورى المركزية. ويخضع لرئاسة المجلس عدد من التشكيلات، منها: مكتب الامانة العامة، ومكتب الهيئة العامة، ومكتب المعلومات والاحصاء ومكتب العلاقات.

ثالثاً : الشورى المركزية
الشورى المركزية تمثل الهيئة القيادية ومركز القرار، وتتألف من 15-20 عضواً يتم انتخابهم عن طريق الهيئة العامة ، كما ان القرارات فيها تتخذ عموما بالاكثرية المطلقة... ومن اهم واجباتها : اقتراح خطوط العمل العامة في المجالات المختلفة وعرضها على الهيئة العامة لاخذ موافقتها، ووضع الخطط والبرامج التفصيلية لتطبيق خطوط العمل العامة المقرة في الهيئة العامة.
ومن واجباتها المصادقة على الانظمة الداخلية لتشكيلات المجلس والنظام الداخلي للهيئة العامة، وكذلك اقرار وارسال الوفود التي تمثل المجلس الاعلى الى الخارج. وتعقد الشورى المركزية اجتماعاتها الدورية والاستثنائية برئاسة رئيس المجلس. وقد كان للشورى المركزية حضور فعال في كافة الاحداث والتطورات التي تهم الوضع العراقي، وقامت باعداد كثير من الدراسات والتحليلات والابحاث حول القضايا المختلفة التي تهم القضية العراقية والشعب العراقي ومستقبل العراق بعد سقوط صدام، واستمرت بعد العودة للعراق بعقد اجتماعاتها.
وبعد وفاة حجة الاسلام والمسلمين السيد عبد العزيز الحكيم ( طاب ثراه) اجمعت الشورى المركزية على انتخاب سماحة حجة الاسلام والمسلمين السيد عمار الحكيم رئيسا للمجلس والشورى المركزية.

 رابعاً : المكاتب
مرّ الجهاز التفيذي في المجلس الاعلى بعدة مراحل كان يبنى ويتطور خلالها على اساس تلبية متطلبات العمل وحاجات الحركة والمرحلة، وفي الدورة الثامنة للمجلس بني الجهاز التنفيذي على اساس مجموعة من المكاتب وهي:

المكتب التنفيذي:-
ومن اهم وظائفه ترتيب الاوضاع الادارية والمالية للمجلس الاعلى وجمع المعلومات المفيدة، وتقديم الدراسات والخطط المرتبطة بالمجلس والقضية الاسلامية العراقية، ومن واجباته المساهمة في رعاية العراقيين بقدر الامكان، وكذلك السعي لتوفير الموارد المالية لتغطية نفقات المجلس، واسناد مكاتب المجلس في اداء واجباتها.
وترتبط بالمكتب التنفيذي مجموعة من الوحدات التنفيذية وهي وحدة الشؤون الاجتماعية، ووحدة الادارة والمالية، ووحدة التخطيط والبرمجة، ووحدة الخدمات الداخلية، ووحدة الحسابات والميزانية، ووحدة المعلومات، وتقوم هذه الوحدات والدوائر باعمال ووظائف اختصاصية تساهم في تكوين صورة المكتب التنفيذي. ويرأس المكتب التنفيذي عضو من الشورى المركزية.

المكتب السياسي :-
ويعنى هذا المكتب بتقديم الدراسات والرؤى السياسية الى الشورى المركزية، كما يقوم بالنشاطات السياسية والحوار مع القوى الوطنية العراقية، ويقوم بادارة النشاط الدبلوماسي للمجلس الاعلى، وترتبط به مكاتب المجلس الاعلى في خارج العراق. وترتبط بالمكتب السياسي عدد من الوحدات والدوائر منها: وحدة العلاقات الدولية، وحدة العلاقات الوطنية، ووحدة حقوق الانسان، والدائرة القانونية، ودائرة شؤون الدولة والبرلمان ويرأس المكتب احد اعضاء الشورى المركزية.

المكتب الثقافي والاعلامي :-
ويعنى هذا المكتب بالشأن الثقافي والاعلامي للمجلس الاعلى، وقد مارس هذا المكتب في مرحلة المعارضة ضد نظام صدام جهودا كبيرة على الصعيد الاعلامي في تعبئة الامة وتثقيفها، ونشر قضية الشعب العراقي في العالم، وبعد سقوط النظام ازدادت فعالية المكتب وتوزعت مسؤولياته في الجانبين الثقافي والاعلامي و حالياً يصدر صحيفة "الاستقامة" الناطقة بإسم المجلس الاعلى، ويسعى المكتب للتوسع في المجال الاعلامي والثقافي. وترتبط بهذا المكتب الوحدة الثقافية التي تعنى بنشر الثقافة التي يتبناها المجلس الاعلى بكل الوسائل والاساليب المشروعة المتاحة، وكذلك الوحدة الاعلامية التي تعنى بالعمل الاعلامي بكل وسائله الممكنة.

مكتب تنظيم الأُمة :-
وهو يعنى بنظم الامة بالشكل الذي يتصوره المجلس، فهو يهتم بالكادر المهني والعلمي والثقافي والعشائري والعسكري...، كما انه يسعى الى رفع طاقات وقابليات الكادر سواء المرتبطين بالمجلس او انصاره عن طريق اقامة الدورات الثقافية والسياسية وغيرها من الفعاليات. وترتبط بهذا المكتب وحدة الكوادر والانصار، والوحدة المهنية والوحدة العشائرية ووحدة نظم الامة ووحدة الشباب، ووحدة المرأة.